Istilah intoleransi agama merujuk kepada bentuk intoleransi terhadap kepercayaan atau amalan agama atau, jika tidak, kurangnya adat seperti itu, yang dimiliki oleh seseorang atau kumpulan. Ini boleh disebabkan oleh beberapa faktor, antaranya dapat menyebutkan fakta bahawa mempunyai kepercayaan agama yang berbeza, mempunyai ideologi yang berbeza, dan juga oleh kenyataan sederhana mempunyai sentimen anti-agama. Sikap seperti ini malah boleh menimbulkan pencerobohanfizikal, verbal, psikologi, antara lain. Contoh yang jelas mengenai intoleransi jenis ini dalam penganiayaan agama yang wujud di pelbagai kawasan di dunia sekarang ini. Sebab utama berlakunya sikap seperti ini di pihak masyarakat adalah disebabkan oleh tidak adanya toleransi beragama, kebebasan beragama dan pluralisme dalam hal agama.
Penting untuk diperhatikan bahawa tidak ada satu pun sebab yang menjelaskan tentang intoleransi agama, namun ada kemungkinan untuk membicarakan hujah yang sangat umum di kalangan mereka yang menganut satu agama dan tidak toleran terhadap agama lain. Hujah ini sangat sederhana: umumnya setiap orang menganggap bahawa agama mereka adalah agama yang benar, oleh sebab itu adalah wajar bagi mereka untuk bertentangan dengan mereka yang mempertahankan doktrin palsu, dari sudut pandang mereka.
Ini adalah fenomena yang sama seperti asal usul agama. Pada zaman kuno ketika orang Kristian pertama melakukan upacara, mereka harus bersembunyi di kubur kerana pihak berkuasa Rom pada masa itu tidak bertolak ansur dengan kepercayaan tersebut. Sejak zaman kuno, orang - orang Yahudi sering kali menjadi mangsa penganiayaan dalam sejarah mereka dan motivasi utama penganiayaan ini adalah permusuhan terhadap kebiasaan dan kepercayaan yang mereka pegang.
Sebaliknya, visi agama orang-orang pra-Columbia diperjuangkan oleh orang-orang Kristian ketika mereka tiba di benua Amerika. Bahkan dalam agama Kristian sendiri ada kes-kes intoleransi terhadap doktrin-doktrin Kristian yang lain, yang telah diklasifikasikan sebagai ajaran sesat atau penyimpangan dari kepercayaan yang sahih. Semua kes-kes yang disebutkan ini adalah tanda bahawa penolakan dan intoleransi terhadap kepercayaan orang lain adalah suatu keadaan yang berterusan sejak zaman berzaman dan berterusan hingga hari ini.
